个人所得税扣缴义务人代码与税务登记证号码不一致。个人所得税系统的“扣缴义务人代码”与初始化文件名开头的一系列数字一致。如果初始文件名以“3403”开头，请填写扣缴义务人代码的纳税人识别号；如果初始文件名以“0301”开头，请填写扣缴义务人代码的微机代码。此初始化文件代码由纳税申报系统自动生成。3403为有税务登记证的企业代码；0301为无税务登记证的非企业代码。税务登记证号码是发证机关出具的税务“身份证”。根据行业类别的不同，有国家税务登记证和地方税务登记证。国税税务登记证有一定的规定。比如32010213616058630102是单位的行政区划，1361605，86是单位的组织机构代码证号。2001年以前，地税局与国税局有相同的法律。从2001年起，地税局的登记号由电脑按顺序自动生成。扣缴义务人是指依照法律、行政法规规定，负有代扣代缴、代收代缴税款职责的单位和个人。扣缴义务人既可以是各类企业，也可以是机关、社会团体、民办非企业单位、部队、学校等单位，也可以是个体工商户、个体合伙人等自然人。
