拟南芥已成为研究开花植物遗传、细胞、发育和分子生物学的模式植物。
拟南芥的优点是植株小（一杯可栽种数株）、世代短（从发芽到开花不到6周）、种子多（每株可产生多粒种子）、生命力强（可用普通培养基人工栽培）。
拟南芥基因组是已知最小的植物基因组。每个单倍体基因组（n=5）的总长度仅为7000万碱基对，仅为小麦染色体长度的1/80，这使得克隆其相关基因相对容易。全基因组由国际拟南芥基因组合作联盟于2000年完成。它也是第一个被测序的植物基因组。
拟南芥是一种具有高度纯合基因的自花授粉植物。经理化因素处理后突变率高，易出现各种代谢功能缺陷。如用含除草剂的培养基进行筛选，抗除草剂突变率为1/10万。
由于这些优势，拟南芥是基因研究的好材料，被称为“植物中的果蝇”。1873年，亚历山大·布朗首次记录了拟南芥的突变体。然而，拟南芥作为模式生物的潜力直到1943年才被证实。这种突变被称为agamous，突变基因于1990年被克隆和分离。
