河豚毒素所在部位包括：生殖腺、肝脏、皮肤和血液、肠胃、肌肉等部位。
1、生殖腺
就是卵巢及精巢。卵巢含剧毒，为河鲀含毒量最大的强毒部分之一。精巢是微毒或无毒。
2、肝脏
肝脏为较大纵长的器官，位于腹腔的右侧，上接膨大的胃部，下部尖端达肛门附近，呈灰褐色，内侧具有一绿色的胆囊。
3、皮肤和血液
血液特别是两块所谓脊血块即脾脏含有剧毒。
4、肠胃
胃和肠也有毒，但毒性比卵巢及肝脏小得多。
5、肌肉
河豚死后较久，内脏的毒素溶在体液中，时间一久，可以渗入肌肉，不可不防。
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